新型冠状病毒肺炎核酸检测采用的是荧光定量PCR方法或高通量测序技术，采集患者的咽、鼻等呼吸道分泌物、痰液、下呼吸道分泌物、血液或粪便，检测其中是否存在新型冠状病毒的病原体核酸。
最普遍的方法是到各地发热门诊或者是相应的检查机构，医生会让病人张开嘴，用一个棉拭子去擦拭扁桃体和咽隐窝附近的分泌物，也可以通过鼻腔取鼻咽后部的分泌物，然后放到试管里面，再交给检验科去做相应的病毒核酸的检查。新型冠状病毒核酸检查准确，但是有一定的假阴性率。一般怀疑新型冠状病毒感染的患者要经过几次检查才可以确诊。只要新型冠状病毒核酸检查结果阳性，那就是感染了新型冠状病毒，如果新型冠状病毒核酸检查阴性，一次的情况不能代表没有感染新型冠状病毒，要多检查几次。有的患者要经过三四次检查才可以确诊。这是因为如果体内病毒量比较少，核酸检查没有那么敏感，就会检查不出来。